Отдел аспирантуры в институте создан в 1960 году. Подготовка научных кадров осуществляется в институте через аспирантуру и соискательство, по специальности «селекция и семеноводство». Научными руководителями аспирантов и соискателей являются доктора и кандидаты наук из числа ведущих специалистов по селекции, семеноводству, генетике, цитологии, биохимии, физиологии, мутагенезу и т.д. Аспиранты института принимают активное участие в международных научных конференциях, семинарских занятиях, посвященных проблемам хлопководства, генетики, селекции и семеноводства, публикуют научные статьи в иностранных сборниках, журналах и т.д. За время существования аспирантуры, в ней прошли обучение 170 человек, из которых 11 защитили докторские и 98 кандидатские диссертации. Выпускники аспирантуры института возглавляют работу НИУ, опытных станций, отделов и лабораторий, кафедр селекции, генетики и семеноводства хлопчатника в Узбекистане, Туркменистане, Таджикистане, Кыргызстане и Казахстане.