Отдел состоит из 3 исследовательских групп и занимается выведением и внедрением в сельскохозяйственное производство новых скороспелых, низкорослых, высокопродуктивных, фузариозоустойчивых, устойчивых к черной корневой гнили сортов тонковолокнистого хлопчатника с качеством волокна IA , I Б, I , II и III типов, с высоким выходом и приспособленных к механизированному возделыванию и уборке урожая хлопка-сырца.

Планомерная исследовательская и практическая селекционная работа была начата в 1930 г .

Отделом разработаны эффективные методы практической селекции тонковолокнистого хлопчатника. Разработаны эффективные методы практической селекции: аналитической селекции, географически отдаленных форм, по выведению фузариозоустойчивых сортов, а также устойчивых к черной гнили; низкорослых, высоко выходных по волокну, скороспелых, продуктивных, с предельным и непредельным типами ветвления. Отделом выведено и передано в ГСИ 43 новых сорта, из которых 12 были районированы. В настоящее время в производстве высевается сорт «Каршинский-8». Одновременно, в отделе дорабатывается и внедряется в производство ранее выведенные Вад. А. Автономовым сорта средневолокнистого хлопчатника. Из них районированы 4 сорта, занимающих в Республике с выше 25 % посевных площадей под хлопчатник. Опубликовано десятки научных работ, в том числе монография «Каталог сортов хлопчатника» (Ташкент, 1993 г .).